L’Orto botanico “Carmela Cortini” dell’Università di Camerino è stato istituito nel 1828 dal prof. Vincenzo Ottaviani , docente di Botanica nella Facoltà di Medicina della medesima Università; egli si occupò di piante medicinali, sia raccogliendole sull'Appennino, sia coltivandole nell'Orto botanico, che considerava di grande importanza per l’insegnamento e la ricerca.
Fu lo stesso Vincenzo Ottaviani a scegliere l’area su cui venne realizzato l’Orto. In particolare, si tratta di un'area al di fuori e sotto le mura cittadine, che venne ceduta dalla Camera apostolica al Comune di Camerino in enfiteusi, presso il complesso degli edifici del Palazzo Ducale, ora sede dell’Università, e corrispondente alle cosiddette “cortine”. Le cortine sono terreni in pendio, in parte terrazzati, sulle quali sono stati ricavati orti e frutteti, ancora oggi visibili nel contesto architettonico in vari punti della città. Inizialmente l’area era occupata da orti e sodivi incolti, bordata e sostenuta a valle da un muraglione ed attraversata per il lungo da una strada . Pur con molte difficoltà, Ottaviani riuscì nell’intento di realizzare l’Orto e, in un inventario del 1835, risulta che vi erano coltivati 1096 alberi e arbusti, oltre a quelli dei viali, e 887 piante da terra e da vaso.
Il rapporto fra le mura della città di Camerino e l'Orto botanico, si può notare molto bene in tutte le fotografie del giardino eseguite in epoche diverse. Esso si trova al di fuori del centro storico vero e proprio, ma al suo margine, e in seguito all’aumento demografico del secondo dopoguerra, ha finito per essere completamente inglobato nella città.
Dalle loggette rinascimentali (Loggette dei Governatori) del Palazzo Ducale, si scende all’Orto botanico mediante una scala a chiocciola di 106 gradini, fatta costruire da papa Pio V nel 1568. Essa si presume avesse lo scopo di collegare i locali del Palazzo Ducale con l’Orto sottostante, ma non di meno poteva assolvere anche altre funzioni in casi eccezionali: sottrarre al controllo dei cittadini, nei momenti di tensione col potere centrale, l’arrivo e la partenza di messaggeri e dispacci; introdurre armati; consentire al governatore provvide partenze, silenziosi rientri, discrete visite (Falaschi, 1989).
Oggi la scala a chiocciola, dopo il restauro, è stata aperta e consente la visita all’Orto botanico.
Nel 1841 il medico Mariano Gajani subentrò ad Ottaviani, e nel 1849 pubblicò la Enumeratio plantarum in horto botanico Athaenei Camertis existentium, un opuscolo di 12 pagine contenente i nomi di 1051 specie.
Successivamente, nel 1864, il prof. Agostino Reali divenutone il prefetto, lo arricchì di importantissime collezioni, lo ampliò e fece costruire due serre per la coltivazione di piante esotiche. Sotto le cure di suo figlio Ranieri venne promossa la coltura delle piante medicinali in aiuole, disposte in un apposito reparto dell'orto, mentre vennero apportate molte migliorie alle serre e ai tiepidari.
Augusto Napoleone Berlese nel 1895, fece eseguire una mappa recante la disposizione delle aiuole e dei vialetti, la localizzazione delle serre e delle due fontane, la scala a chiocciola ed altri particolari architettonici, in larga parte mantenuti fino ad oggi.
Numerosi altri sono stati i prefetti che si sono succeduti nella direzione dell’Orto botanico dal 1828 al 2005, provenienti da differenti sedi universitarie e quindi da scuole diverse.
Nei primi anni dopo la sua fondazione professori come Vincenzo Ottaviani, Mariano Gajani, Agostino Reali , Ranieri Reali e Dante Sartori, in qualità di medici, si dedicarono alla botanica, soprattutto in relazione all’insegnamento della Botanica farmaceutica; altri erano farmacologi come Alberico Benedicenti e Filippo Arturo Foderà; due zoologi hanno avuto la direzione in assenza di titolari botanici, Gennaro Teodoro e Giuseppe Colosi; tutti gli altri erano botanici in senso stretto e precisamente Augusto Napoleone Berlese , Giovan Battista De Toni, Domenico Filippi, Antonio Mazzaron , Albina Messeri, Vittorio Marchesoni,Giacomino Sarfatti, Bruno Anzalone, Franco Pedrotti e Carmela Cortini. A quest’ultima, docente dell’Istituto di Botanica dal 1964 e scomparsa il 29 aprile 2007, il 20 maggio 2008 è stato intitolato l’Orto botanico di Camerino, in memoria della sua rilevante produzione scientifica, e l’appassionato impegno speso nel miglioramento e potenziamento delle strutture dell’Orto stesso.